受益所有人是指最终拥有或实际控制备案主体，或者享有备案主体最终收益的自然人。
《管理办法》第六条对受益所有人识别标准作出了详细规定。符合下列标准之一的自然人即为备案主体的受益所有人：
标准1：通过直接方式或者间接方式最终拥有备案主体25%以上股权、股份或者合伙权益的自然人。
标准2：虽未满足标准1，但最终享有备案主体25%以上收益权、表决权的自然人。
标准3：虽未满足标准1，但单独或者联合对备案主体进行实际控制的自然人。
受益所有人可能不止一个自然人，任何满足上述三个标准之一的自然人都应作为受益所有人进行备案。如果通过上述标准均不能确认受益所有人，则应当将负责日常经营管理的人员视为受益所有人。
受益所有人与《公司法》中规定的“实际控制人”有类似之处，但两者不同。首先，受益所有人包括了拥有、控制和收益三个方面的内容，受益所有人既可以是公司（合伙企业）的拥有者，也可以是公司（合伙企业）的控制者、获益者。其次，受益所有人需要穿透至自然人。“实际控制人”既可以是法人也可以是自然人，而受益所有人是自然人。在识别受益所有人时，要“层层穿透”至最终拥有、实际控制备案主体或享有其最终收益的自然人。